Европейската комисия започва процедура срещу България за необявяване на защитени територии. През януари 2019 г. Комисията изпрати официално уведомително писмо до България, а през юли 2020 г. — и мотивирано становище по въпроса. Тя счита, че досегашните усилия от страна на българските органи са незадоволителни и недостатъчни, и предявява иск срещу държавата пред Съда на Европейския Съюз.
След като държавите-членки впишат своите територии от значение за Общността, те разполагат със срок от шест години, за да определят тези територии за специални защитени зони. Те също така са длъжни да установят природозащитни цели, които са специфични за всяка територия, и да въведат необходимите мерки за опазване, насочени към съхраняването или възстановяването на защитените видове и местообитания в териториите, така че да се постигне благоприятен природозащитен статус.
Комисията посочва, че до издаване на мотивираното становище по наказателната процедура, България не е издала заповеди за 194 от общо 229 защитени зони за природните местообитания. Искът пред Съда на ЕС е също така, че България системно и последователно не изпълнява задължението си да установи специфични за всяка територия природозащитни цели и мерки за опазване. Тези изисквания са от ключово значение за опазването на биологичното разнообразие в ЕС.
Обявяването на защитените зони трябваше да се направи за шест години между декември 2009 и декември 2014 г.